9月中，光绪皇帝几次密诏维新派，商议对策。但维新派没有实权，束手无策，只得向光绪皇帝建议重用新军首领袁世凯，以对付荣禄。16日和17日，光绪皇帝两次召见袁世凯，授予其侍郎职位。18日夜，谭嗣同密访袁世凯，劝袁世凯杀掉顽固派掌兵大将荣禄，举兵救驾。袁世凯向荣禄告密，出卖了谭嗣同。
慈禧从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁在中南海的瀛台。然后，她发布训政诏书，再次临朝“训政”，掌握中央大权。
慈禧与光绪后妃等人，最右是隆裕。
1898年是农历的戊戌年，慈禧太后发动的囚禁光绪的政变就被称为“戊戌政变”。慈禧太后下令捕杀维新派，所有新政措施，除京师大学堂外，全部都废止。变法维新以戊戌政变宣告失败。
政变消息传出后，康有为、梁启超两人逃亡日本，而谭嗣同在这种情况下，决心以死来殉变法事业，用自己的牺牲去向封建顽固势力做最后一次反抗。他毅然回绝了日本使馆要保护他逃亡的要求，说：“各国变法无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。”24日，谭嗣同在浏阳会馆被捕。在狱中，他意态从容，镇定自若，写下了这样一首诗：“望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。”28日，谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第和康广仁六人在北京菜市口被处斩，史称“戊戌六君子”。