公元13世纪，成吉思汗以强大的武力建立一横跨欧、亚的蒙古帝国——元朝，蒙古佛教即由西藏传入，成为蒙古与藏传佛教最早接触的时期。元太宗窝阔台之子阔端王子是最早皈依佛教的王室成员，曾迎请藏传佛教萨迦派四祖萨班·贡噶坚赞至凉州会面，允许喇嘛至蒙古弘法，从此佛教便在蒙古传播开来。到了忽必烈时期，由于他的大力护持，佛教更成为蒙古人普遍的信仰。
忽必烈未即位前已皈依喇嘛上师，即位后，尊八思巴[26]为国师，“统领天下释教”和西藏地方行政事务，开元朝帝王任命国师的先河。尤其忽必烈启请国师创蒙古新字，并校勘汉藏两种藏经，撰成《至元法宝勘同总录》[27]，丰富了蒙古文化的内涵。此外，忽必烈依汉制所建的太庙落成时，礼请僧侣做七昼夜佛事，自此，每年定为永式。元成帝时，因皇帝信佛虔诚，而有大臣必兰纳识里代替皇帝出家，必兰纳识里并奉敕翻译梵文经典，后来被封为“普图明广照宏辩三藏国师”。元武宗时，西藏高僧法光至蒙古，增订蒙古新字，相继有中国、回纥等佛教学者，译藏文经典为蒙文。元朝百年中，上自皇帝宫室，下至文武百官，无不信奉佛教，对蒙古社会影响极深。