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武装部队接管政权后，要求各省省长继续行使自己的职责，公共和私营部门的官员和职员继续从事自己的工作，政府各部的日常工作由各部秘书长负责处理，并呼吁全国各族人民保持平静，以保证国家的安全。
阻止反政变
被废黜的巴加扎总统得到国内发生政变的消息后，即乘机离开加拿大返国。巴加扎返国的消息引起政变当局的紧张，他们害怕巴加扎回国后组织反政变，便命令在布琼布拉机场跑道设置障碍并封锁边境。法航班机因布琼布拉机场被封锁，只有将巴加扎和他的16名助手运载到肯尼亚内罗毕机场。5日晚，巴加扎从肯尼亚飞赴乌干达，在国家宫受到乌干达穆塞韦尼总统的接见，后乌干达政府宣布给予巴加扎政治避难权。巴加扎还通过使者要求坦桑尼亚阿里·哈桑·姆维尼总统提供一支“远征军”，帮助他重新获取政权，但遭到姆维尼总统的拒绝。因此，政变当局一直防范巴加扎潜返布隆迪。
9月5日晚，布约亚少校通过电台向全国发表讲话，他解释了武装部队发动政变的原因，谴责了巴加扎统治下，经济政策杂乱无章，有关政策特别有利于投机倒把、贪赃枉法的官员、商人和其他违法分子等。布约亚强调新政权将注意全国民族团结，准备建立图西族和胡图族两族名额相等的“民族团结协商会议”；将组成两族内阁成员均等的政府，其目的是扩大胡图族参政和议政的权利。

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