锦衣卫有指挥使一人，正三品，同知二人，从三品，佥事三人，四品，镇抚二人，五品，十四所千户十四人，五品，副千户从五品，百户六品，所统有将军、力士、校尉，掌侍卫、缉捕、刑狱之事。凡盗贼奸宄要秘密缉访，街涂沟 要经常注视，是一个组织完备的军事特务机构，和皇朝的府、部、院都没有隶属关系，由皇帝直接指挥，只对皇帝负责。
锦衣卫设经历司，掌文移出入，设镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠，也就是民间所称“诏狱”。朱元璋从洪武十五年(1382)以后，运用这批特务、法庭和监狱，把全国所有政治性的重罪犯人，都交给它审判和处刑。过了六年，镇压“不轨妖言”的任务告一段落了，洪武二十年(1387)下令焚毁锦衣卫刑具，把犯人移交给刑部。又过了六年，胡惟庸和蓝玉案的罪犯都已处理完毕了，又再次申明以后一切案件都由朝廷法司处理，内外刑狱公事不再经由锦衣卫。但是这条法令并没有维持多久，明成祖即位后，又重新利用锦衣卫来镇压建文帝的臣下，恢复了诏狱。以后历代皇帝都倚仗锦衣卫做耳目爪牙，用内官提督东、西厂(诏狱),东西厂和锦衣卫的职权日益扩大，人员日益众多，造成残酷的恐怖气氛，一直延续到明亡。